Tan simple, y cutre (ya que desde las últimas versiones del Eclipse es imposible hacerlo desde el propio Eclipse), como borrar el directorio completo [tu_workspace].metadata.pluginsorg.eclipse.dltk.core.index.sql.h2 (con el Eclipse cerrado) y luego volver abrir Eclipse. De esta manera tan poco profesional podremos forzar a que eclipse haga un reindexado de su índice DLTK .
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